Badan Kepegawaian Negara (BKN) sebagai lembaga pembina kepegawaian memiliki keterlibatan panjang dalam sejarah birokrasi di Indonesia. Pada awal kemerdekaan Indonesia, tepatnya pada tanggal 25 September 1945, pemerintah Indonesia melalui ketua KNPI Kasman Singodimedjo memutuskan untuk menetapkan seluruh pegawai pemerintahan terdahulu dari segala jabatan dan tingkatan menjadi pegawai pemerintahan Indonesia. Inilah langkah awal dari pembentukan birokrasi Indonesia.

Pada tanggal 30 Mei 1948 Pemerintah Republik Indonesia membentuk Kantor Urusan Pegawai (KUP) yang berkedudukan di Yogyakarta, ibukota pemerintahan kala itu, sebagai instansi pembina pegawai negeri. Situasi pemerintahan yang terbelah dua saat itu mengakibatkan pegawai negeri terbagi dua. Sebagian berada di bawah pemerintah Republik Indonesia yang berada di bawah binaan KUP, sebagian lagi berada di bawah pemerintah Hindia Belanda yang berada di bawah Djawatan Umum Urusan Pegawai (DUUP) yang berkedudukan di Jakarta. Dalam perkembangan selanjutnya KUP inilah yang menjadi cikal bakal perkembangan BKN.

Pembubaran RIS dan pembentukan Negara Kesatuan Republik Indonesia pada 15 Agustus 1950 membuat pemerintah merasa perlu untuk memusatkan masalah kepegawaian yang sebelumnya dilaksanaan secara terpisah oleh KUP dan DUUP. Keduanya dilebur dalam wadah KUP yang berkantor di Jalan Kramat Raya, Jakarta. Meski kedudukan KUP dipindahkan ke Jakarta, dalam pelaksanaan tugasnya masih ada unit kerja yang berkedudukan di daerah yakni Bagian Tata Usaha Kepegawaian (TUK) di Yogyakarta serta Bagian Pensiun dan Tunjangan (Biro P&T) di Bandung. Situasi politik yang serba memanas dan belum pasti kala itu mengakibatkan terjadinya sejumlah peralihan dalam sistem kenegaraan Indonesia. Situasi tersebut yang menyebabkan pemerintah merasa perlu menetapkan kembali kedudukan, fungsi, dan tugas organisasi KUP. Sesuai dengan perkembangan yang terjadi, peranan aparatur pemerintah semakin dirasakan sehingga pemerintah memandang perlu menetapkan kembali kedudukan, fungsi, tugas, dan organisasi KUP. Pandangan ini sesuai dengan aturan dalam Peraturan Pemerintah Nomor 32 Tahun 1950 beserta peraturan pelaksanaannya yang dimaksud dalam Keputusan Perdana Menteri RI Nomor 30/PM/1951 tanggal 7 April 1951.

Untuk maksud tersebut, maka KUP yang merupakan institusi yang bertugas melakukan pembinaan kepegawaian diubah menjadi Badan Administrasi Kepegawaian Negara (BAKN) dengan Peraturan Pemerintah Nomor 32 Tahun 1972. Penetapan Peraturan Pemerintah ini adalah juga sebagai pelaksanaan dari Undang-undang Nomor 18 Tahun 1961. Terbentuknya BAKN tidak terlepas dari perkembangan administrasi kepegawaian yang pada saat itu dirasakan semakin meningkat peranannya. Untuk memperkuat hal tersebut maka ditetapkanlah Undang-Undang Nomor 8 tahun 1974 tentang Pokok- Pokok Kepegawaian. Dalam perkembangannya serta untuk meningkatkan mutu pelayanan kepada PNS, dibentuklah Kantor Wilayah BAKN di tingkat Provinsi berdasarkan Keppres Nomor 53 Tahun 1980. Keppres tersebut kemudian direalisasikan dengan Keputusan Kepala BAKN Nomor 2053/Kep/1981 tanggal 6 Agustus 1981 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kanwil BAKN. Seiring dengan pesatnya perkembangan dalam bidang kepegawaian dengan bergesernya paradigma dari masalah administratif ke arah manajemen sumber daya manusia, BAKN juga berkembang dan melakukan reformasi kepegawaian dengan mengubah BAKN menjadi Badan Kepegawaian Negara (BKN) berdasarkan Keppres No. 95 Tahun 1999 Tanggal 11 Agustus 1999. Keberadaan BKN kemudian diperkuat dengan Undang-Undang Nomor 43 Tahun 1999 tentang perubahan Undang-Undang Nomor 8 Tahun 1974 tentang Pokok-Pokok Kepegawaian. Dengan demikian maka Kantor Wilayah BAKN berubah nama menjadi Kantor Regional BKN. Kantor Wilayah III BKN pun diubah menjadi Kantor Regional III BKN sesuai dengan Keputusan Kepala BKN no. 3/KEP/2000. Struktur Organisasi dan Tata Kerja Kanreg ditetapkan melalui Keputusan Kepala BKN No. 59 tahun 2001. Seiring dengan otonomi daerah yang merubah kewenangan pembinaan kepegawaian kepada masing-masing daerah maka BKN kini adalah lembaga yang memiliki kewenangan menetapkan Norma, Standar, dan Prosedur Pembinaan Kepegawaian secara nasional sedangkan fungsi administratifnya diserahkan kepada masing-masing daerah/Institusi.